成本問題可能會限制低溫電子顯微鏡的推廣。Scheres估計，LMB每天用于支持低溫電子顯微鏡的經費就達到近3萬人民幣，外加近1萬的電費——這是由于存儲和處理圖片的電腦耗電量很大。Scheres表示，每天至少要花費近4萬人民幣，對于很多地方來說，這個費用太高。為了推廣低溫電子顯微鏡，很多基金會建立了對外公開的設備，各地研究者們可以預約使用?；羧A德·休斯醫(yī)學研究所（Howard Hughes Medical Institute， HHMI）在珍利亞農場研究園區(qū)配備了一臺。這臺設備對所有HHMI資金的研究者公開。在英國，政府和維康信托在牛津大學附近建立了低溫電鏡公開使用平臺。參與該平臺搭建的倫敦大學（University of London）的結構生物學家Helen Saibil表示，有很多人想學習使用低溫電鏡。
洛克菲勒大學（Rockefeller University）的生物物理學家Rod MacKinnon就是這些人之一。他在2003年因解析一些離子通道的結晶結構而獲得諾貝爾獎。MacKinnon現在對低溫電鏡非常著迷?！拔椰F在處于學習曲線的斜坡階段，非常熱切。” MacKinnon這樣說道。他打算用低溫電鏡來研究離子通道是如何開和關的。
1997年時，Henderson非常堅定地宣稱，低溫電鏡會成為解析蛋白結構的主流工具。在將近20年后的今天，他的預測比當年有了更多底氣。Henderson表示，如果低溫電鏡保持這樣的勢頭繼續(xù)發(fā)展，技術問題也得以解決，那么低溫電鏡不僅會成為解析蛋白結構的第一選擇，而是主流選擇。這個目標已經離我們不遠了。
